《五邑大学学报·自然科学版》杂志（CN:44-1410/N）1994年创刊，目前以季刊形式发行，杂志一直秉承着马列主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，贯彻党的教育方针和“双百方针”，致力于教育科学研究和学科基础理论研究，促进学院教学、科研工作的发展，为社会主义现代化建设做出贡献。

杂志以反映五邑大学的科研、教学成果为主，鼓励科学技术创新，服务地方产业发展，并以促进侨乡社会进步为目标。杂志内容涵盖了数学、化学与环境工程、计算机科学、模式识别与人工智能、经济与管理、数理科学、机电与自动化等多个学科领域，为科技界人士提供了一个交流学术成果的平台。

《五邑大学学报·自然科学版》在学术界内享有较高的声誉，其期刊质量不断提高，深受各界好评。杂志曾获得“Caj-cd规范获奖期刊”、“中国优秀期刊遴选数据库”、“中国期刊全文数据库（CJFD）”等荣誉，体现了其学术水平和编辑质量。